1. W uproszczeniu:
opisujesz przeszłość i chcesz w tej przeszłości zaznaczyć kolejność wydarzeń, tj. podkreślić, że coś zdarzyło się przed czymś, np.
When John was elected a deputy, he had been a teacher for 10 years
Czyli: masz punkt zaczepienia w przeszłości (John został wybrany) i dalej mówisz, że przedtem (przed tą przeszłością, czyli w "zaprzeszłości", stąd dawna nazwa tego czasu- czas zaprzeszły) coś się działo (był nauczycielem przez 10 lat)
Z reguły jest to zdanie złożone, w któych mamy past simple dla punktu zaczepienia w przeszłości oraz past perfect do opisu tego co działo się przedtem.
Inne takie przykłady:
When I entered the bathroom, the whole floor had been flooded.
We were excited about the visit, as we hadn't seen each other for ages
Past perfect często występuje z after/before/by the time.
2. Z drugiej strony można wielokrotnie past perfect pominąć i użyć past simple
A) jeśli kolejność wydarzeń jest logiczna, np.
When I came in, I realised that my house was/had been burgled
B) w narracji przeszłej (czyli opisywaniu wielu wydarzeń po sobie nasępujących) nie nadużywa się past perfect; większość zdań w past simple
C) użycie past perfect jest bardziej formalne i niezbyt popularne w American English
To chyba ważniejsze rzeczy. Mam nadzieję, że mniej więcej jest to jasne. Jakby co,pytaj! CIao!