drugie jest pytaniem pośrednim, ale pierwsze nie, bo w ogóle nie jest pytaniem, tylko prośbą/poleceniem: dlatego nie ma tam znaku zapytania 
 
natomiast szyk jest ten sam: John took it. John turned it off. 
 
W obu twoich zdanianiach "who" zastępuję podmiot, czyli wykonawcę czynności, czyli Johna z moich zdań.  
  
Cytat: 
Chodzi mi o to dlaczego nie ma Do you know who it turned off?
  
Bo to by nie było pytanie o podmiot, tylko pytanie o dopełnienie: 
 
It turned off John. (it = podmiot, John = dopełnienie) 
 
Who did it turn off? (pytanie bezpośrednie, who = zastępuje dopełnienie) 
 
Do you know who it turned off? (pytanie pośrednie) 
 
Ask him who it turned off. (prośba) 
 
(Samo zdanie nie ma sensu bez kontekstu, ale dobrze ilustruje problem)  
  
Cytat: 
dlaczego nie ma Ask her who it took.
  
No właśnie jest, i to jest poprawne. 
 
te też są:  
What are you doing? 
 
Could you tell me what you're doing? 
 
Tell me what you are doing.